Третий по времени основания лаврский некрополь был открыт в 1863 году к востоку от Свято-Троицкого собора. Первое время это кладбище называли Засоборным, но после постройки Никольской церкви в 1868-1871 годах оно получило свое современное название - Никольское. В 19 веке Никольское кладбище было одним из самых дорогих и престижных в городе.
По одной из легенд в катакомбах кладбища зарыт клад Лёньки Пантелеева, знаменитого вора 20-х годов прошлого века.