INI-файлы - 0.015, 0.086, 0.784 - Идеал. Самое оптимальное. Вроде есть баг в многопоточности, но не попробуещь - не узнаешь. Хрен там, идельно для одноразовой записи, дозапись и изменение значений та еще фигня с нагрузкой на бедный серв.
PHP-скрипты - 0.029, 0.111, 0.902 - По ситуации. Все зависит от ситуации.
XML-файлы - 0.062, 0.385, 3.911 - Тормоз и ненадежен.
Текстовые файлы - 0.034, 0.250, 2.369 - Нежелательно. Гемору потом с этим файлом уйма.
Файлы с сериализованными данными - 0.011, 0.041, 0.309 - простая архивация. Грубо говоря. В строчку мантяжит.
PHP-скрипты с define'ами - 0.045, 0.252, 2.404 - фиг эго знает что это, но оно себя не оправдывает ясно видно.
JSON-файлы - 0.015, 0.057, 0.495 - Родной брат сериализации по всем заебам, только файл. На заметку: кросплатформеность между явой, аяксом и пишкой.