Стремительное наступление фашистских войск, в частности в ленинградском направлении, определило большую поспешность эвакуации. Поскольку Янтарная комната была сложно смонтирована на деревянных панелях 3-х метровой высоты, быстро разобрать ее и вывезти, не разрушив, практически не представлялось возможным. Янтарные панели побоялись снимать со стен, их оклеили несколькими слоями ваты, бумаги, ткани, в надежде , что никто не доберется.

После войны в 1946 году в Кенигсберге, который стал уже Калининградом, работала экспедиция советских специалистов под руководством А.Я.Брюсова, в составе которой находился и А.Кучумов, ранее работавший в царскосельском Екатерининском дворце. В разрушенных и сгоревших во время бомбежек руинах экспедицией были обнаружены остатки сгоревших ящиков и иные фрагменты и это дало повод думать, что та же участь постигла и саму Янтарную комнату. Буквально через несколько месяцев, другими специалистами-исследователями был сделан вывод, что в данном месте Янтарная комната сгореть не могла, так как в плитах облицовки было большое количество различных металлических изделий, которые на пожарище не были найдены, а бесследно сгореть никак не могли.

Так с тех пор безуспешно ищут Янтарную комнату.

В подвалах и подземельях Кёнигсберга советским солдатам и музейным работникам удалось найти немало украденных нацистами ценностей, но никаких следов Янтарной комнаты обнаружено не было. Рассчитывали на содействие Альфреда Роде, но он темнил: ссылался на контузию, плохую память и т.п. Казалось, профессор был кем-то смертельно напуган. В конце 1945 г. Роде и его жена исчезли. Ходили слухи, будто их убили те, кто не желал возвращать Янтарную комнату Советскому Союзу.

По свидетельству барона Эдуарда фон Фальц-Фейна , русского эмигранта с фамилией Епанчин по матери, который вошел в историю своими знаменитыми поисками Янтарной комнаты, последним комнату видел офицер вермахта Георг Штайн 28 января 1945 года. Это были 80 ящиков с упакованными янтарными панелями, которые находились в подвале церкви под Кенигсбергом.